In 1921 werd dhr. N. Van Dooren benoemd als hoofd van de Comeniusschool, een school voor ‘lager onderwijs’ (LO) en ‘meer uitgebreid lager onderwijs’ (MULO). Er was nog geen eigen gebouw en de school ging van start met 203 leerlingen in een voormalig gymnasium aan het Westeinde.
Na het gereedkomen van het gebouw aan de Kempstraat, liep het aantal leerlingen snel op. In 1940 telde de school 390 leerlingen en moest er gedacht worden aan uitbreiding van het gebouw. Door de start van de tweede wereldoorlog moest dit echter even wachten.
Uiteindelijk krijgt de school in 1956, door de gemeente, een extra gebouw aangeboden aan Spionkopstraat. Wanneer dat gebouw in 1957 klaar is voor gebruik, splitst de school zich op in een afzonderlijke LO en MULO met ieder een eigen schoolhoofd. De MULO in de Spionkopstraat wordt na de invoering van de Mammoetwet omgedoopt tot Comenius MAVO. Deze MAVO fuseert in 1971 met de Christelijke Scholengemeenschap Snoeck Henkemans.
In 1985 wordt de kleuterschool Prinses Juliana, gevestigd aan de Viljoenstaat, bij de school gevoegd. Vanaf dit moment wordt de school de Christelijke Basisschool Comenius genoemd. Deze bassischool behoudt wel zijn twee locaties aan de Kempstraat en aan de Viljoenstraat.
In 2012 wordt de nieuwbouw aan de Colensostraat geopend en verhuist de gehele school naar de Colensostraat. Al snel blijkt dat het schoolgebouw niet groot genoeg is en krijgt de school opnieuw de beschikking over de kleuterschool aan de Viljoenstraat. Daar komen niet de kleuters, maar juist de hogere groepen. De laatste wijziging is dat de peuterspeelzaal Comenius, in het verleden psz Tweety, formeel bij de school gaat horen.
